La Fraternidad fue constituida el 20 de junio de 1887 por un pequeño grupo de maquinistas y fogoneros del Ferrocarril Oeste, 208 valientes que decidieron organizarse para defender sus derechos y ayudarse mutuamente, y que apenas un año después serian protagonistas del primer paro en defensa de un compañero detenido injustamente, por un accidente en un paso a nivel en San Martín del ferrocarril de Buenos Aires a Campana. Es la consecuencia de los primeros e iníciales esfuerzos de organización del movimiento obrero del siglo XIX.

Es la primera organización sindical nacional y fue un importante apoyo para el desarrollo del movimiento sindical del interior argentino. Su Estatuto es el primero en ser reconocido por los poderes públicos, firmado por el presidente Juárez Celman en 1889, como un signo de esos tiempos iniciales y controvertidos está escrito en castellano e inglés.

El Pacto de Solidaridad con la FOF, que luego en 1922 constituiría la Unión Ferroviaria, dio comienzo al proceso de unidad con esa organización, al constituir la Confraternidad Ferroviaria. Consolidó en La Fraternidad un claro perfil reformista y negociador, autonómico y liberal en sus relaciones con los poderes públicos y las empresas.

La Fraternidad modificó su estatuto y se convirtió en sindicato, impulsando su recuperación en todo el país, reabriendo las seccionales, afiliando y convocando a los compañeros a organizarse y militar. El cambio político producido en 2003 con el Gobierno de Néstor Kirchner, dio nuevo impulso al programa sindical con la discusión por los convenios y su posterior unificación en uno para pasajeros y otro para cargas, puso punto final a la dispersión convencional del sistema ferroviario, concesionado en varias líneas de ferrocarriles de pasajeros y carga, y la casi desaparición de los servicios interurbanos de pasajeros. La obtención de la reducción de la jornada laboral y el reconocimiento del Estrés Postraumático junto a la recuperación de las Escuelas Técnicas y el ingreso de muchos jóvenes a la actividad, expresan algunas de las conquistas más importantes de la historia fraternal.